ESX Server ve VMware Server arasındaki farklılıklara benzer şekilde, Hyper-V ile Virtual Server arasında da farklılıklar bulunmaktadır.
Hyper-V fiziksel bir sunucunun donanımı üzerine kurulur ve buradan çalışırken, Virtual Server’ın yüklenmesi için ilk önce Windows işletim sistemine sahip olmanız gerekir.
Hyper-V, merkezi yönetim platformu ve diğer üreticilerin eklentileriyle daha yüksek performanslı bir sanallaştırma amacıyla tasarlanmıştır. Öte yandan Virtual Server, masaüstü veya daha küçük çaplı sunucu sanallaştırma çözümleri için tasarlanmış ücretsiz bir sanallaştırma platformudur.